營改增后建筑企業(yè)跨縣（市）提供建筑服務(wù)、房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)銷售自行開發(fā)的房地產(chǎn)項(xiàng)目均要求預(yù)繳增值稅，但兩者設(shè)計存在較大區(qū)別，在抵減應(yīng)交增值稅時間上，不宜混同。
一、建筑企業(yè)、房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)預(yù)繳增值稅設(shè)計比較
具體見下表：
房地產(chǎn)開企業(yè)預(yù)繳稅款與建筑服務(wù)、納稅人銷售不動產(chǎn)（不含房地產(chǎn)開發(fā)，下同）目的不同，是為了平衡項(xiàng)目開發(fā)期各期的納稅義務(wù)、所設(shè)計的特殊政策。如果未至項(xiàng)目納稅義務(wù)時間，將預(yù)繳增值稅即用于抵減當(dāng)期應(yīng)交增值稅，顯然，不可能達(dá)到平衡稅負(fù)的目的，有違預(yù)繳設(shè)計初衷。
二、房地產(chǎn)預(yù)繳稅款設(shè)計，避免了與房地產(chǎn)營業(yè)稅納稅義務(wù)時間不同所形成的重大影響
《營業(yè)稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》規(guī)定，銷售不動產(chǎn)收到預(yù)收款的納稅義務(wù)發(fā)生時間為收到預(yù)收款的當(dāng)天；而根據(jù)《營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)實(shí)施辦法》第四十五條規(guī)定，只有建筑企業(yè)和提供租賃服務(wù)，納稅義務(wù)發(fā)生時間為收到預(yù)收款的當(dāng)天，收到預(yù)收款的當(dāng)天不是房地產(chǎn)企業(yè)銷售不動產(chǎn)的納稅義務(wù)發(fā)生時間，政策發(fā)生了重大變化。保留預(yù)繳增值稅政策，既考慮了營改增后的抵扣政策上的差異，又避免了與營業(yè)稅納稅義務(wù)時間不同所致的項(xiàng)目不同期間的稅負(fù)差異。
參考如下部分省市國稅局的解釋：
“財政部和國家稅務(wù)總局之所以這樣規(guī)定，是因?yàn)榉康禺a(chǎn)開發(fā)企業(yè)采取預(yù)售制度，在收到預(yù)收款時，大部分進(jìn)項(xiàng)稅額尚未取得，如果規(guī)定收到預(yù)收款就要全額按照11%計提銷項(xiàng)營改增，可能會發(fā)生進(jìn)項(xiàng)和銷項(xiàng)不匹配的“錯配”問題，導(dǎo)致房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)一方面繳納了大量稅款，另一方面大量的留抵稅額得不到抵扣。為了解決這個問題，《營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)實(shí)施辦法》將銷售不動產(chǎn)的納稅義務(wù)發(fā)生時間后移，收到預(yù)收款的當(dāng)天不再是銷售不動產(chǎn)的納稅義務(wù)發(fā)生時間。同時，為了保證財政收入的均衡入庫，又規(guī)定了對預(yù)收款按照3%預(yù)征稅款的配套政策?！?/p>
因此，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)保留預(yù)售預(yù)繳增值稅政策，是一項(xiàng)特殊政策，可以保證房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)在項(xiàng)目開發(fā)期的稅款均衡入庫，避免了時間上的錯位；同時將預(yù)繳征收率設(shè)為3%，也較營改增之前的5%降低了2個百分點(diǎn)，讓房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)部分稅款推遲了納稅義務(wù)時間。這也是營改增政策給房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)所帶來的紅利。
如果將項(xiàng)目尚未完工、預(yù)售所繳的增值稅，用于抵減其他完工項(xiàng)目應(yīng)繳的增值稅，從效果上等同于未實(shí)施或未完全施行預(yù)繳增值稅政策，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)的流轉(zhuǎn)稅政策實(shí)質(zhì)產(chǎn)生巨大變化，這與營改增設(shè)計初衷并不一致；也易促使房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)做出推遲交房、推遲納稅義務(wù)時間的逆向選擇。
三、增值稅納稅申報表“預(yù)繳稅額”填報說明存在區(qū)別
【文件依據(jù)】
《國家稅務(wù)總局關(guān)于全面推開營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)后增值稅納稅申報有關(guān)事項(xiàng)的公告》（國家稅務(wù)總局公告2016年第13號）
（四十二）第28欄“①分次預(yù)繳稅額”：填寫納稅人本期已繳納的準(zhǔn)予在本期增值稅應(yīng)納稅額中抵減的稅額。
“營業(yè)稅改征增值稅的納稅人，分以下幾種情況填寫：
1.服務(wù)、不動產(chǎn)和無形資產(chǎn)按規(guī)定匯總計算繳納增值稅的總機(jī)構(gòu)，其可以從本期增值稅應(yīng)納稅額中抵減的分支機(jī)構(gòu)已繳納的稅款，按當(dāng)期實(shí)際可抵減數(shù)填入本欄，不足抵減部分結(jié)轉(zhuǎn)下期繼續(xù)抵減。
2.銷售建筑服務(wù)并按規(guī)定預(yù)繳增值稅的納稅人，其可以從本期增值稅應(yīng)納稅額中抵減的已繳納的稅款，按當(dāng)期實(shí)際可抵減數(shù)填入本欄，不足抵減部分結(jié)轉(zhuǎn)下期繼續(xù)抵減。
3.銷售不動產(chǎn)并按規(guī)定預(yù)繳增值稅的納稅人，其可以從本期增值稅應(yīng)納稅額中抵減的已繳納的稅款，按當(dāng)期實(shí)際可抵減數(shù)填入本欄，不足抵減部分結(jié)轉(zhuǎn)下期繼續(xù)抵減。
（注：銷售不動產(chǎn)與建筑服務(wù)相同，預(yù)繳仍是平衡不動產(chǎn)所在地和納稅人住所地稅負(fù)）
4.出租不動產(chǎn)并按規(guī)定預(yù)繳增值稅的納稅人，其可以從本期增值稅應(yīng)納稅額中抵減的已繳納的稅款，按當(dāng)期實(shí)際可抵減數(shù)填入本欄，不足抵減部分結(jié)轉(zhuǎn)下期繼續(xù)抵減。”
增值稅納稅申報表填寫說明中，當(dāng)期實(shí)際可抵減數(shù)并未包括房地產(chǎn)企業(yè)所有預(yù)繳增值稅；也說明房地產(chǎn)預(yù)繳增值稅的抵減，與上述其他情形并不完全一致。
綜上，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)預(yù)售款所預(yù)繳的增值稅，在相關(guān)項(xiàng)目未至納稅義務(wù)期、即約定的交房日期或?qū)嶋H辦理住房移交之前，不宜用于抵減當(dāng)期應(yīng)繳增值稅。
以上摘自《連財：營改增全面推開與擁抱》
